主角大卫·杜楚尼扮演的Fox Mulder 以及吉莉安·安德森所饰的Dana Scully将被卷入一系列外星人绑架事件当中。

除了以上提及的新角色之外，续集中还出现了探员Robert Coe和Samantha Pitney，以及协助调查一个失踪小女孩（可能是外星人绑架的人质）的心理科警员。具体细节是Scully和Mulder将等到整个阴谋设置完毕才出场。二十世纪福克斯电影公司将《X档案2》定于明年7月25号首映。